与你一起醒来的若干方法

舞台は近未来の日本。 オートマタと呼ばれるアンドロイドが普及しており、友人として、恋人として、あるいは労働力として、人々に親しまれ社会に溶け込んでいる。 主人公『伊奈宗介』はオートマタ整備士で、祖父から受け継いだ店『伊奈モータース』の店長として平穏な毎日を送っていた。 ある日、店先に一人のオートマタの少女が倒れていた。 廃棄処分費を惜しんだオーナーにより不法投棄されたものと判断し回収しようとしたが、宗介は少女がオートマタに偽装された人間であると気がつく。 少女は両足を失っており、義足ではなくオートマタのパーツを取り付けられるという不可解極まりない状況で倒れていたのだ。 謎の少女「枚方初音」を保護した宗介は、人の四肢を切断し売りさばく『人体売買』という闇の深い大事件に巻きこまれていくことになる。 幼馴染みであり警察官の『八雲舞花』、 同じく幼馴染みで義肢装具士でもある『京橋みこと』、 宗介を支えるオートマタ「アイル」と「マキノ」、 宗介の先輩で兄貴分、そしてオネェの「三鷹弥彦」、 舞花の妹で伊奈モータースでバイトしている「八雲由里花」。 仲間たちと共に事件を追う中、初音の命を狙うオートマタも現れ、事態は混迷を極めていく。